Στις μετέπειτα μελέτες τους, απέδειξαν δύο βασικά γεγονότα, ένα, ο άγνωστος μολυσματικός παράγοντας θα μπορούσε να μεταδώσει την ασθένεια στον χιμπατζή και δεύτερον, χαρακτηριστικό ιού αλλά όχι σαν την ηπατίτιδα Α ή Β. Η συμβολή του Alter στον τομέα της ιολογίας εξυπηρετήθηκε ως φως στη σκοτεινή θυελλώδη νύχτα των κρουσμάτων ηπατικής λοίμωξης.
Ωστόσο, ο ιός δεν αναγνωρίστηκε και δεν χαρακτηρίστηκε λίστες φαξ από καμία οικογένεια ιών και δεν ταξινομήθηκε. Συνεισφορές για αναγνώριση και πορεία για την εκρίζωση Με υψηλά ποσοστά νοσηρότητας και θνησιμότητας, με τα χρόνια οι ερευνητές ήθελαν να εντοπίσουν τον αιτιολογικό παράγοντα του «άγνωστου» ιού όπως η ηπατίτιδα και να τον χαρακτηρίσουν.
Αφού δοκίμασαν όλες τις παραδοσιακές τεχνικές και απέτυχαν, με την καινοτόμο προσέγγιση της Houghton στη φαρμακευτική Chiron, μπόρεσαν να εντοπίσουν και να κλωνοποιήσουν θραύσματα DNA που ευθύνονται για τον σχηματισμό ιικών πρωτεϊνών. Μετά από περίπλοκη προετοιμασία της βιβλιοθήκης DNA και αναζήτηση του κλώνου, τελικά, ο Houghton και η ομάδα του μπόρεσαν να αναγνωρίσουν την ομοιότητα με την οικογένεια Flaviviridae και την ονόμασαν ιό της ηπατίτιδας C.