第二次入侵除掉卡斯特罗，这一次将依赖美国的直接军事力量。总统甚至在中央情报局的行政行动计划中纵容暗杀作为一种外交政策手段，代号为 ZR/RIFLE。为了除掉卡斯特罗，肯尼迪政府发起了“蒙古斯行动”，由司法部长监督，战略情报局/中央情报局传奇人物爱德华·兰斯代尔负责执行，该行动默许暗杀，对所用手段不加限制。中央情报局特工威廉·哈维领导了一项三管齐下的行动来暗杀这位古巴领导人：行政行动计划；W 特遣部队（蒙古斯行动的一部分）；以及复活的黑手党联盟。
与传统故事相反，肯尼迪政府在古巴导弹危机后恢复了除掉卡斯特罗的努力，主要是出于对他欢迎苏联导弹基地的 韩国电报数据库 愤怒。危机前后，中情局与古巴高级军官罗兰多·库贝拉（代号 AMLASH）勾结，库贝拉对卡斯特罗感到失望并想杀死他。讽刺的是，1963 年 11 月 22 日，库贝拉正在巴黎会见一名中情局官员，这时传来了肯尼迪总统遇刺的消息。这两件事有关联吗？林登·约翰逊总统认为有关联：“肯尼迪试图得到卡斯特罗，但卡斯特罗先得到了肯尼迪。”
所有这些因素结合在一起，留下了恶意的后遗症，而后肯尼迪政府一直拒绝重新评估，起初是出于麦卡锡时代反共产主义歇斯底里导致的冷战偏执，后来则出于担心疏远美国境内的大批古巴民众，不管他们是支持还是反对卡斯特罗。
这一遗留问题仍像一片乌云笼罩着任何关于恢复关系的讨论。出于多种原因，华盛顿和哈瓦那之间的仇恨几乎是本能的。信任的丧失需要几代人的时间才能恢复，而猪湾事件是导致这一问题的主要原因。
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